В соответствии с приказом начальника ВВС РККА № 135 от 19 октября 1940 г. училище переименовано в Московское военное авиационное Краснознаменное училище связи. Приказом начальника ВВС вновь подтверждено звание лучшего военного авиационно-технического училища ВВС РККА.
Личный состав училища принимает участие в боевых действиях в советско-финской войне. В небе и на земле здесь проявили мужество и героизм летчики, в разные годы проходившие службу в авиаотряде училища. Среди них:
• В.Г. Грачев, в годы Великой Отечественной войны удостоенный звания Героя Советского Союза;
• И.Д. Антошкин – командир 18-го скоростного бомбардировочного полка. За 3 месяца полк под его командованием осуществил 2 936 самолето-вылетов, сбросил на противника 964 тонны бомб. Лично командир полка произвел 32 боевых вылета. Звание Героя Советского Союза ему присвоено 10 мая 1940 г.;
• В.Н. Пешков, флаг-штурман авиационной эскадрильи 49-го авиационного полка, совершивший 99 боевых вылетов на разведку и штурм военных объектов противника. Звание Героя Советского Союза присвоено ему 20 мая 1940 г.;
• П.М. Петров – командир авиаэскадрильи 68-го истребительного авиационного полка. Капитан Петров после выполнения боевого задания 17 февраля 1940 г. совершил посадку на замерзшем озере Муола-Ярви и под огнем врага на своем истребителе вывез летчика с подбитого самолета. Звание Героя Советского Союза П.М. Петрову присвоено 7 апреля 1940 г.
На Карельском перешейке в боевых действиях участвовали преподаватели училища и курсанты. В училище были подготовлены и отправлены в действующую армию боевые расчеты. Курсанты выпускного курса прошли фронтовую стажировку.
Орденами Красной Звезды награждены преподаватели училища Богданов, Рождествин, Карпович; медалями «За боевые заслуги» отмечена боевая работа инструкторов практического обучения Корнеева, Ильина, Кутанина, курсантов Серого, Лапина, Кваскова. Большой объем боевой работы выполнила бригада радистов в составе курсантов Гура, Александрова, Плесскова, Федосова, Ситникова.
В донесении командира части начальнику училища о работе курсантов отмечалось, что:
«…бригада курсантов-радистов, которая работала в эскадрилье, задание выполнила в короткий срок. Установленные курсантами радиокомпасы работали хорошо, отказов в боевых полетах не было. Работали они все добросовестно и ответственно относились к своим обязанностям. Кроме того, ими был изучен пулемет, и они принимали участие в боевых действиях. Все товарищи достойны поощрения.»
В этот боевой период газета «Авиаударник» призывала свято хранить боевые традиции Краснознаменной школы. Боевые будни остались позади, десятки лучших курсантов, посланных на фронт для выполнения заданий правительства, возвратились назад. Все они получили в боевой обстановке богатый практический опыт. Теоретические знания, приобретенные в школе, курсанты умело сочетали с практикой. Об этом свидетельствуют отзывы командования частей.
Курсант Яроцкий выполнял задание в Н-ской разведывательной эскадрилье. Он работал хорошо, много было им положено сил, чтобы в кратчайший срок выполнить боевые задания. Командир и комиссар эскадрильи пишут:
«Тов. Яроцкий показал себя как отличный специалист, в совершенстве владеющий своей специальностью. Он работал по несколько суток, не отдыхая, не жалея сил, чтобы вовремя отработать и представить командованию материалы фоторазведки. В сложных условиях и в плохо оборудованной лаборатории Яроцкий показал исключительно высокое качество работы».
За отличное выполнение заданий командования курсант Яроцкий награжден медалью «За отвагу».
На базе фотоцикла училища сформировано Гомельское военное аэрофотограмметрическое училище ВВС.